La iglesia de Seyba cabecera se encuentra ubicada a orillas de la carretera que comunica a los poblados de Xkeulil y Hobomó. Esta iglesia que ahora yace en ruinas, muy probablemente fue edificada a finales del siglo XVII y principios del siglo XVIII.
Como la mayoría de las edificaciones religiosas de tipo Franciscano en la Península de Yucatán, la iglesia de Seybacabecera presenta 3 elementos característicos de su época: monumentalidad, reciedumbre y atemporalidad.
El atrio de la Iglesia era extenso delimitado por una barda de piedra. El acceso al atrio era a través de un arco de medio punto que con el paso de los años se deterioró y actualmente está destruido. Actualmente pueden apreciarse los cimientos de piedra que delimitaban el atrio, así como parte del arco que daba acceso al mismo.
La iglesia era de planta Rectangular y de una sola nave, el techo, por la forma que presentan los restos que aún se conservan, parece ser que fue de cañón corrido. El acceso a la iglesia lo constituye un arco de medio punto, presenta una espadaña de tamaño considerable y que por los restos de pintura que aún conserva podemos suponer que estuvo ricamente decorada. En la fachada también se aprecia un espacio rectangular que probablemente fue el lugar de una imagen o el escudo de la orden. Las puertas de la iglesia, aunque se encuentran destruidas dan señas de haber sido un portón ferrado, aún conserva parte de la madera con la que fue construida, así como algunas piezas de metal.
En el interior de la iglesia se aprecian restos de lo que fuera el coro alto. Algunos nichos se mantienen intactos y actualmente se pueden apreciar y algunos decorados en las paredes que el tiempo no ha podido borrar.
En el altar mayor se encontraba depositada una cruz que probablemente se encuentre en la actual iglesia de Seybaplaya, así como otras imágenes que posiblemente fueron llevadas de la iglesia hoy en ruinas.
Los muros exteriores de la iglesia son lisos y apoyados por contrafuertes.
